Университетът Fontbonne носи името си от майка St. John Fontbonne, която през 1808 г. след Френската революция основава отново Конгрегацията на сестрите на Свети Йосиф (CSJ). Повече от век и половина преди това, през 1650 г., сестрите на Свети Йосиф бяха основани в DePuy, Франция. По време на Френската революция сестрите бяха принудени да се върнат по домовете си и общността беше разпръсната. Около 28 години след подновяването, шест сестри от Свети Йосиф дойдоха в Съединените щати през 1836 г. и установиха американски корени в Каронделет, малка общност в южен Сейнт Луис, Мисури. Пет години по -късно, през 1841 г., те откриват Академията на Св. Йосиф за момичета.
Сестрите в крайна сметка ще създадат колеж, който да осигури достъп до висше образование за жените - необходимост в началото на 20 век. Първите класове на Fontbonne College се провеждат през 1923 г. в Carondelet в Южен Сейнт Луис, а след това две години по -късно училището се премества в сегашния си кампус в Клейтън.
Наследството на CSJ за сила и стабилност произтича от ценности, открити в оригиналните документи на ордена и повтаряни в други записи през следващите векове. Най -малко осем ценности могат да бъдат идентифицирани през тази дълга история на CSJ: качество, уважение, разнообразие, общност, справедливост, служба, вяра и католическо присъствие.
Университетът Фонтбон е основан на традицията на служене и въз основа на ценностите на Конгрегацията на Свети Йосиф. Предаността към традицията продължава да движи Fontbonne напред в бъдещето.